Năm 1454, Vua Henry VI ngã bệnh, Richard tự mình tuyên bố trở thành nhiếp chính. Đây là khởi đầu cho Chiến tranh Hoa Hồng, cuộc xung đột giữa nhà York do Richard đứng đầu, với nhà Lancaster do Edmund Beaufort, Công tước xứ Somerset thứ 2 lãnh đạo. Trong thời gian này, Cecily trú tại nhà của họ ở Lâu đài Ludlow, dù Richard sau đó phải lánh qua Ireland và lục địa Châu Âu. Vào tháng 11 năm 1459, khi Nghị viện xét xử Richard, Cecily đã tự mình đến London để biện hộ cho chồng, học giả đương thời đã thuật lại rằng Cecily đã thỏa thuận với nhà vua (chủ yếu là Margaret xứ Anjou), nếu trong vòng 8 ngày Richard xuất hiện tại Nghị viện, thì sẽ có đặc xá. Nhưng Richard không quy phục, đất đai của Công tước bị tịch thu, nhưng Cecily vẫn nhận được số tiền trợ cấp £600 cho gia đình của mình.

Vào tháng 7 năm 1460, thắng lợi ở Trận Northampton giúp Công tước xứ York được công nhận là Trữ quân qua Đạo luật chấp thuận (Act of Accord), Cecily thậm chí đã được xem là Vương phi xứ Wales và chỉ cần chờ để chính thức trở thành Vương hậu. Bà thậm chí còn nhận được một bản sao của cuốn biên niên sử từ nhà sử học John Hardyng. Tuy nhiên, vào ngày 30 tháng 12 cùng năm đã khiến giấc mộng nhà York tạm thời tiêu tàn, khi trong trận Wakefield, nhà Lancaster đã có chiến thắng lớn. Công tước xứ York, con trai thứ Edmund cùng người anh trai Bá tước Salisbury của Cecily, đều là những người tử nạn sau sự kiện này. Cecily phải gửi hai con trai nhỏ nhất của mình, George và Richard, đến triều đình Burgundy của Philip III, Công tước xứ Burgundy.

Con trai cả của Cecily, Edward, tiếp tục hội quân nhà York để chống lại nhà Lancaster. Khi Cecily chuyển đến Lâu đài Baynar, đây trở thành cứ địa chính của nhà York. Sau Trận Towton ngày 29 tháng 3 năm 1461, Edward đã thành công trở thành Quốc vương nước Anh, tức Vua Edward IV. Bà Công tước Cecily, lúc này được tôn vinh là mẹ của Quốc vương, nhưng cũng chỉ là thêm thành tố ["The King's mother"], bà vẫn chỉ là Bà Công tước xứ York, chứ không được tôn thêm địa vị Thái hậu hay gì khác. Điều này hoàn toàn khác với chế độ Đông Á, thì ở Châu Âu, chỉ những ai từng là Vương hậu thì mới được gọi là Thái hậu.

Trong những năm đầu triều đại của con mình, bà tiếp tục vị trí chỉ sau nhà Vua khi luôn có mặt bên cạnh ông. Để tăng địa vị cho mẹ, Edward IV đã cho thêm huy hiệu vào huy hiệu riêng của bà, bảo chứng vị trí thuộc vương tộc Anh. Những năm cuối, Cecily không được ghi lại nhiều, chỉ biết rằng bà có tham dự hòa giải khi tình trạng căng thẳng giữa Edward và đứa con trai thứ của bà, George, trở nên gay gắt, nhất là sau khi George đã giúp Bá tước Warwick lật đổ anh mình vào năm 1470 và 1471, và Vua Edward đã phải xử tử em trai vì tội phản bội.

Sau khi Edward IV qua đời vào năm 1483, con trai út của bà là Richard đã tiếm xưng làm Vương, tức Richard III, sau khi hai đứa cháu nội của bà là Edward cùng Richard đều bị xem là đã chết. Bà tiếp tục được tôn kính khi là mẹ của Quốc vương. Thời gian này vai trò của bà không có gì đáng chú ý, vì bà đã bắt đầu chuyên tâm vào tôn giáo - điều cần thiết và điển hình của tất cả phụ nữ thời Trung Cổ. Đến tận khi Richard III qua đời, và cháu gái bà Elizabeth xứ York trở thành Vương hậu của Henry VII của Anh, Bà Công tước Cecily chỉ được biết đến qua các hoạt động từ thiện và tôn giáo, mà không có bất kỳ biểu hiện nào của việc tham gia chính trị.

Ngày 31 tháng 5 năm 1495, Cecily qua đời khi thọ 80 tuổi, một số tuổi rất hiếm vào thời gian ấy. Bà được an táng vào bên cạnh chồng bà trong Nhà thờ St Mary và các vị Thánh, khu vực Fotheringhay thuộc Northamptonshire, với một buổi lễ đặc ân từ Giáo hoàng. Địa vị của Cecily luôn được bảo toàn vào đời sau, do bà là bà nội của Elizabeth xứ York, do vậy cũng là tổ tiên của tất cả quân chủ Anh từ thời nhà Tudor, và xa hơn là nhà Stuart kể từ Vua James V.